Né en 1982, Raphaël débute la musique à six ans au CNR de Clermont-Ferrand : violoncelle, musique de chambre, piano, composition, piano-jazz. Il intègre en 1997 le CNR de Boulogne-Billancourt où il étudie le violoncelle avec Xavier Gagnepain, la musique de chambre avec Hortense Cartier-Bresson et la direction d'orchestre avec Janos Komives. Fort d'un 1er prix dans chacune de ces disciplines, il est reçu en 2001 1er nommé dans la classe de Philippe Muller au CNSM de Paris dont il sort quatre ans plus tard avec un diplôme de formation supérieure, mention TB à l’unanimité.
La musique de chambre, d’abord pratiquée en famille, occupe aujourd’hui une part centrale de son activité notamment depuis son entrée, en 2002, dans le Quatuor Ebène (aux côtés de Pierre Colombet, Gabriel Le Magadure et Mathieu Herzog), 1er prix 2004 du concours international de l’ARD de Münich, victoire de la musique 2010.
Nicholas Angelich, Elisabeth Leonskaïa, Menahem Pressler, Eric Le Sage, Mitsuko Ushida, Renaud et Gautier Capuçon, Sarah Nemtanu, Antoine Tamestit, Gary Hoffman, Michel Portal, comptent parmi ses partenaires.
Le Quatuor est aujourd’hui invité dans les plus grandes salles du monde : Philharmonie de Berlin, Wigmore Hall de Londres, Concertgebouw d’Amsterdam, Tonhalle de Zürich, Library of Congress de Washington, Carnegie Hall à New York, Théatres du Châtelet et des Champs-Elysées à Paris. Deux disques, consacrés à Haydn et Bartok, sont parus avec succès chez Mirare, avant que le quatuor ne signe en exclusivité chez Virgin Classics : un premier album Debussy-Fauré-Ravel, paru en octobre 2008 (Recording of the year Gramophone), suivi d’un album Brahms avec Akiko Yamamoto. « Fiction », disque jazz-pop avec Richard Héry, Natalie Dessay, Stacey Kent, Luz Casal, Fanny Ardant, enregistré par Fabrice Planchat, est paru à l’automne 2010, puis en live-DVD à l’automne 2011, en même temps qu’un album Mozart (Choc Classica). Les deux quintettes de Fauré avec Eric Le Sage (Alpha) a été diapason d’or de l’année 2012. Est paru début 2013 un disque consacré à Felix et Fanny Mendelssohn (diapason d’or). Raphaël Merlin s’est produit comme soliste avec les orchestres de Massy, du conservatoire Tchaïkovski de Moscou, d'Auvergne, de Paris-Sorbonne, Sostenuto... Il réalise des arrangements (classique, jazz, tango, musique du monde). De 1997 à 2002, il est le pianiste du Wildflower Quartet (jazz). Il joue aussi en duo avec le guitariste Kevin Seddiki, s’investit dans des projets d’éclectisme (Festival « Les Chaises musicales »). Membre périodique de l’ensemble Contraste aux côtés d’Arnaud Thorette et Johan Farjot, il enregistre le trio op. 114 de Brahms (Accord-Universal), le trio de Philippe Hersant (Triton), et un album de tango, « Café 1930 » (Zig-Zag Territoires).
En tant que chef d’orchestre, il a dirigé l’orchestre du lycée Racine, le Sérénade Orchestra, l’Orchestre des lauréats du Conservatoire et l’orchestre Opus 93, et a cofondé « Le Petit Lion », orchestre du printemps musical de Saint-Cosme, dont il assure la direction musicale de 2008 à 2012. Passionné d’enseignement depuis sa rencontre avec Xavier Gagnepain, titulaire du CA, il donne des masterclass de musique de chambre aux académies de Lake District, Sabinanigo, au CNR de Reims, aux Hochschule de Freiburg, Würzburg, Stuttgart et tous les ans à la Colburn School de Los Angeles. Depuis la saison 2013-2014, le quatuor Ebène tient des séminaires de musique de chambre au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris.
En 2008, le Klangforum Mitte Europa a passé à Raphaël Merlin sa première commande de compositeur : une pièce pour quatuor à cordes et orchestre, qui fut créée en mars 2011 à Cracovie puis Munich, par le Quatuor Ebène. Son duo pour violon ‘et violoncelle “Pas de Deux”, a été créé en 2012 au Concertgebouw d’Amsterdam. En projet, un concerto pour violoncelle et cordes (Lockenhaus festival, 2014).
Raphael Merlin joue un violoncelle de Carlo Tononi prêté grâce à la Beares International Violin Society